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農(nóng)業(yè)基因組學(xué)是當(dāng)代農(nóng)業(yè)科技創(chuàng)新的核心引擎,,也是帶動(dòng)我國(guó)農(nóng)業(yè)高速發(fā)展的“復(fù)興號(hào)列車(chē)”,。

近日,曙光攜手中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院(深圳)農(nóng)業(yè)基因組研究所(以下簡(jiǎn)稱(chēng)“基因組所”),,助力搭建基因數(shù)大數(shù)據(jù)計(jì)算平臺(tái)存儲(chǔ)項(xiàng)目,。其中,利用生物組學(xué)大數(shù)據(jù)推動(dòng)生物育種變革,,打造了貫穿“種質(zhì)資源收集-基因組測(cè)序與分析-功能基因挖掘-分子設(shè)計(jì)育種-品種推廣”全產(chǎn)業(yè)的創(chuàng)新鏈條,。

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用信息技術(shù)打通產(chǎn)業(yè)創(chuàng)新鏈條

基因組所是國(guó)內(nèi)唯一一家專(zhuān)門(mén)從事農(nóng)業(yè)基因組學(xué)研究的國(guó)家級(jí)研究所,主要從事農(nóng)業(yè)基因組學(xué),、農(nóng)業(yè)動(dòng)植物分子育種等領(lǐng)域的科學(xué)研究,,致力于推動(dòng)生命科學(xué)前沿學(xué)科與農(nóng)業(yè)、食品與健康,、生態(tài)與環(huán)境等三大領(lǐng)域的交叉融合,,加速生命前沿技術(shù)在農(nóng)業(yè)和社會(huì)經(jīng)濟(jì)發(fā)展中的應(yīng)用。

如今,,生物信息學(xué)正扮演著越來(lái)越重要的角色,,在信息時(shí)代給基因組學(xué)巨大的推動(dòng)力?;蚪M學(xué)領(lǐng)域產(chǎn)生了海量數(shù)據(jù),,如何通過(guò)農(nóng)業(yè)生物信息學(xué)與計(jì)算科學(xué)挖掘出更大價(jià)值,成為基因組所業(yè)務(wù)發(fā)展的關(guān)鍵環(huán)節(jié),。

該大數(shù)據(jù)計(jì)算平臺(tái)計(jì)算能力400Tflops,, 存儲(chǔ)能力10PB,計(jì)算分區(qū)和存儲(chǔ)分區(qū)網(wǎng)絡(luò)采用100Gb/s Infiniband EDR高速互聯(lián),,高速互聯(lián)網(wǎng)絡(luò)的搭建為存儲(chǔ)提供高達(dá)80Gb/s的聚合帶寬,,為實(shí)現(xiàn)生物大數(shù)據(jù)的深度挖掘奠定基礎(chǔ)。其中存儲(chǔ)資源分區(qū)采用曙光ParaStor分布式存儲(chǔ)系統(tǒng),,可以為基因數(shù)據(jù)庫(kù)等提供海量存儲(chǔ)空間,。

通過(guò)高效、安全的基因數(shù)據(jù)庫(kù),,可有效利用基因組學(xué),、蛋白組學(xué)、代謝組學(xué)等技術(shù)手段,實(shí)現(xiàn)高品質(zhì)精準(zhǔn)功能育種,;重點(diǎn)突破人類(lèi)基因組學(xué),、營(yíng)養(yǎng)代謝組學(xué)等生物組學(xué)技術(shù)難題,創(chuàng)制營(yíng)養(yǎng)靶向設(shè)計(jì),、健康個(gè)性訂制的新型營(yíng)養(yǎng)健康食品,。

為“生物信息”提供高可靠平臺(tái)

隨著多組學(xué)數(shù)據(jù)額激增,數(shù)據(jù)挖掘的難度不斷加大,。作為底層的存儲(chǔ)系統(tǒng),,既要滿足海量基因數(shù)據(jù)激增帶來(lái)的擴(kuò)展性需求,又要滿足帶寬及IOPS需求,。

中科曙光憑借多年在生物基因領(lǐng)域積累的經(jīng)驗(yàn),,打造了完善的生物基因行業(yè)云存儲(chǔ)解決方案。通過(guò)Scale-Out橫向擴(kuò)展,、IB+RDMA高速互聯(lián)、內(nèi)核態(tài)POSIX協(xié)議,、智能SSD Cache及小文件聚合等技術(shù),,消除傳統(tǒng)的Scale-up縱向擴(kuò)展存儲(chǔ)架構(gòu)的性能局限性,解決生物基因應(yīng)用中對(duì)海量大文件存儲(chǔ)場(chǎng)景高聚合帶寬,、小文件存儲(chǔ)場(chǎng)景高IOPS的存儲(chǔ)需求,。

其次,基因研究產(chǎn)生的數(shù)據(jù)正以每12-18個(gè)月10倍的速度快速增長(zhǎng),,曙光ParaStor分布式存儲(chǔ)系統(tǒng)可通過(guò)性能與容量的線性增長(zhǎng),,滿足存儲(chǔ)系統(tǒng)對(duì)數(shù)據(jù)處理能力和擴(kuò)展性的要求,并通過(guò)多種技術(shù)手段,,從物理底層到邏輯層全方位保證存儲(chǔ)系統(tǒng)高可靠性和高可用性,,滿足前端多種基因測(cè)序軟件、多種業(yè)務(wù)應(yīng)用的存儲(chǔ)對(duì)接需求,。

基因組,、蛋白組、代謝組等生物組學(xué),、基因編輯,、合成生物學(xué)等一系列學(xué)科發(fā)展和技術(shù)創(chuàng)新,推動(dòng)著農(nóng)業(yè)生物技術(shù)以前所未有的速度向前發(fā)展,。曙光不斷將最先進(jìn)的信息技術(shù)與生物信息學(xué)進(jìn)行融合,。將自身的存儲(chǔ)產(chǎn)品與第二代基因測(cè)序和三代測(cè)序、主流應(yīng)用軟件長(zhǎng)期對(duì)接測(cè)試與優(yōu)化是曙光扎根于該領(lǐng)域的基礎(chǔ),。對(duì)于生物信息復(fù)雜應(yīng)用軟件的完美適配以及均衡穩(wěn)定的性能表現(xiàn),,讓曙光在生物基因領(lǐng)域得到了廣泛的認(rèn)可。


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